Air setelah melewati proses biologi dalam Moving Bed Biofilm Reactor (MBBR) akan overflow menuju Secondary Lamella Clarifier. Dalam tangki ini terjadi proses secara fisika yaitu proses sedimentasi. Lumpur yang bercampur dalam air akan terpisah karena lumpur menabrak lembaran sheet yang ada di dalam tangki, kemudian air akan naik ke atas menuju talang yang berada di bagian atas tangki Secondary Lamella Clarifier. Lumpur akan di kembalikan ke dalam bak Moving Bed Biofilm Reactor (MBBR) jika volume lumpur aktif yang ada di bak Moving Bed Biofilm Reactor (MBBR) kurang dari standar yang ditentukan, dan akan dialirkan menuju Sludge Holding Tank saat parameter tersebut telah terpenuhi. Air dari talang akan memasuki transfer tank secara overflow.
Di dalam Secondary Lamella Clarifier juga terdapat laminar tank yang berfungsi untuk me-laminerkan aliran overflow dari Bak Moving Bed Biofilm Reactor (MBBR) sehingga aliran lebih stabil. Selain itu, lumpur dari aktifitas mikroba yang sifatnya sangat ringan atau mudah melayang akan tetap mengendap karena aliran air yang lambat.